Gerçek dünya, Matrixin makine askerleri tarafından istila edilirken, Zionun da yaşanabilir bir yer haline getirilme çalışmaları paralel olarak devam ediyor. Neonun tüm insanlığı, gerçek yaşama geri döndürüp döndüremeyeceği ve Matrix sisteminin tam anlamıyla durdurulup durdurulmayacağı, gerçek dünya ile sanal dünya Matrixin arasında sıkışıp kalan Neonun kendini kurtarabilmesine bağlıdır. Aksiyon ve bilimkurgu sinemasında önemli bir dönüm noktası olan Matrix serisinin son ayağı olan Matrix Revolutions, makineler ve insanoğlunun amansız savaşına sahne oluyor.