Naruto, Sakura, Sai ve Yamato, Ryuumyakunun gücünü kullanarak bütün dünyaya hükmetmek isteyen Mukadeyi yenmek için Rouran şehrinin yıkıntılarına gider. Mukade burada, uzay-zamanda bir yarık açarak Narutoyu geçmişin Rouranına götürür. Mukade, açtığı bu yarık sayesinde Narutonun gittiği zamanın 6 yıl öncesine gitmiş ve Rouranda Bakan Anrokuzan kimliğine bürünmüştür. Anrokuzan, Ruumyakunun gücü ile istediği kukla ordusunu kurar ve bu ordunun yapımında Rouran halkını köle gibi çalıştırır. Naruto, Anrokuzanın emellerine engel olmaya çalışırken ona bu görevde geçmişin ninjaları Aburame Shibi, Akimichi Chouza ve henüz Dördüncü Hokage olmamış babası Namikaze Minato eşlik eder.

İkinci Ninja Savaşı sırasında Konoha tarafından yok edilen Gökyüzü Ülkesinin hayatta kalan üyeleri uzun zaman sonra güçlerini arttırarak Konohaya saldırılar. O sırada orada bulunan gizemli doktor Shinou sayesinde birçok yaralı ölümden kurtulur. Ancak Shinounun öğrencisi Amarunun köyü tehlikededir. Bu yüzden Tsunade; Narutonun, Sasukenin ve Hitananın doktor ile Amaruya eşlik etmelerini ister. Köye vardıklarında köyün harabeye döndüğünü görürler. Bu sırada gerçekleşen saldırı sırasında Shinoui, Amaruyu kurtarmak için önüne atlar ve vücuduna saplanan kunailer yüzünden can verir. Ancak kısa zaman sonra bunun bir oyun olduğu ortaya çıkar. Shinou gerçekte kimdir ve ne istemektedir?