Açgözlü Ticaret Federasyonunun Nabooya karşı giriştiği işgalin yenilgiyle sonuçlanmasının üzerinden 10 sene geçmiştir. Naboo Kraliçesi Padme Amidala, görevini halefi Jamilliaya devretmiş ve bir senatör olarak Nabooyu Galaktik Senatoda temsil etmeye başlamıştır. Bu sırada Galaksi yine büyük bir savaşın eşiğine gelmiştir. Jedi düzenini kendi isteğiyle terkeden eski Jedi Ustası Count Dooku, gizlice Darth Sidiousla çalışmaya başlayarak Ayrılıkçılar grubunun başına geçmiştir ve galakside huzursuzluk yaratmaktadır. Yüce Başkan Palpatine, kötü gidişe dur demek için bir klon ordusu hazırlama önerisini getirir ve Senatoda oylamaya sunar. Oylamaya katılmak üzere Coruscanta gelen Senatör Amidala, bir suikast girişiminden kılpayı kurtulur. Bunun üzerine Palpatine, Obi Wan ve Anakin Skywalker’ı Amidala’yı korumakla görevlendirir.