Mısırlı Kıpti bir baba ve yine Mısırlı Rum bir annenin çocuğu olarak Los Angeles'ta doğdu. Sami adlı bir ikiz kardeşi olan Malek'in Yasmine adlı bir ablası vardır. Sherman Oaks, California'daki Notre Dame Lisesi'ni bitiren Malek, sonrasında Evansville Üniversitesi'nden mezun oldu.
2004'te Gilmore Girls'ün bir bölümünde yer alarak profesyonel kariyerine başladı. 2005-2007 arasında The War at Home adlı dizide Arap kökenli Kenny'i canlandırdı. Sinemada ilk önemli rolü, Müzede Bir Gece filmlerindeki Firavun Ahkmenrah karakteriydi. 2015'te başlayan Mr. Robot dizisi sayesinde büyük üne kavuştu. Dizide Elliot Alderson adlı bir bilgisayar korsanını canlandıran Malek, bu diziyle birlikte çok daha önemli roller almaya başladı. 2018'in sonunda gösterime giren Bohemian Rhapsody filminde Queen'in unutulmaz solisti Freddie Mercury'i canlandırdı.
