Başarılı ajan doğulmaz. Çünkü başarılı ajanlar yumurtadan çıkar! Madagascarın muhteşem ajanlarıyla tanışın: Skipper, Kowalski, Rico and Private.Bu seçkin penguenler, gizli bir örgütün kuvvetlerine katılırlar. İsmi Kuzey Rüzgarı olan bu organizasyona lideri yakışıklı ve kuvvetli ismi gizli bir Ajan (bize kalsa ismini söyleyeceğiz de...sonra yani..bilirsiniz) liderlik etmektedir. Bu iki takımın bir an önce güçlerini birleştirip dünyayı yok etmek için hain planlar peşinde olan korkunç Dr. Octavius Brineı durdurması gerekmektedir.

Narkotik detektifleri Mike Lowrey (Will Smith) ve Marcus Burnett (Martin Lawrence) Miami’deki uyuşturucu trafiğini araştırmak üzere görevlendirilirler. İkilinin araştırması onları şehrin uyuşturucu trafiğini kontrol etmek isteyen ve bu nedenle kanlı bir çete savaşı başlatan Johnny Tapia’ya(Jordi Mollà) götürür. Bu arada Mike’ın Marcus’un kız kardeşi Syd’e (Gabrielle Union) ilgi duymaya başlaması, bu ikilinin arkadaşlığını ve iş ilişkilerini tehdit etmeye başlar. Eğer özel hayatlarıyla profesyonel hayatlarını birbirinden ayıramazlarsa hem üzerinde çalıştıkları davayı hem de Syd’in hayatını tehlikeye atacaklardır.