İkinci Ninja Savaşı sırasında Konoha tarafından yok edilen Gökyüzü Ülkesinin hayatta kalan üyeleri uzun zaman sonra güçlerini arttırarak Konohaya saldırılar. O sırada orada bulunan gizemli doktor Shinou sayesinde birçok yaralı ölümden kurtulur. Ancak Shinounun öğrencisi Amarunun köyü tehlikededir. Bu yüzden Tsunade; Narutonun, Sasukenin ve Hitananın doktor ile Amaruya eşlik etmelerini ister. Köye vardıklarında köyün harabeye döndüğünü görürler. Bu sırada gerçekleşen saldırı sırasında Shinoui, Amaruyu kurtarmak için önüne atlar ve vücuduna saplanan kunailer yüzünden can verir. Ancak kısa zaman sonra bunun bir oyun olduğu ortaya çıkar. Shinou gerçekte kimdir ve ne istemektedir?

Yıllar önce bir grup ninja, Mouryou adlı şeytanın gücünü kullanarak bütün dünyayı fethetmeye çalışmışlar ancak başarısız olmuşlardır. Mouryounun bedeni ve ruhu iki farklı tapınağa mühürlenmiştir. Ancak Yomi, Mouryouyu tekrar dünyaya çağırır ve bedenine kavuşana kadar kendi bedenini onun hizmetine sunar. Çok geçmeden başlayan savaşta Tsunade, Narutoya Shinon adlı rahibeyi koruma görevi verir. Üstelik bu görevde Sakura ve Lee ile birlikte Neijinin himayesinde olacaktır. Önemsiz gibi görünen bu görev aslında bütün savaşın kilit noktasıdır. Çünkü sadece rahibeler mühürleme yapabilmektedir ve Shinon geriye kalan tek rahibedir. Mouryou kendi bedenine kavuşmadan mühürleme işlemi yapılmak zorundadır ancak bu hiçte kolay olmayacaktır.