"Avengers Infinity War"un ardından pek çok süper kahraman küle dönüşmüştür. Doktor Strange, Gamora, Drax, Mantis, genç Örümcek Adam, Black Panther, Bucky Barnes, Groot, Scarlet Witch, Vision, Star Lord, Maria Hill, The Wasp ve Nick Fury gibi pek çok kahraman, Thanosun Sonsuzluk Eldivenini ele geçirmesi ve kendi dengesini kurması yüzünden yok olmuştur ve dünya umutsuz haldedir. Dünya üzerinde kalan Black Widow, Kaptan Amerika, Thor ve Hulk kendi yaslarını tutmaktayken, Iron ve Nebula ise kontrol edemedikleri bir uzay gemisinin içinde, uzay boşluğunda sürüklenmektedirler.

Başarılı ajan doğulmaz. Çünkü başarılı ajanlar yumurtadan çıkar! Madagascarın muhteşem ajanlarıyla tanışın: Skipper, Kowalski, Rico and Private.Bu seçkin penguenler, gizli bir örgütün kuvvetlerine katılırlar. İsmi Kuzey Rüzgarı olan bu organizasyona lideri yakışıklı ve kuvvetli ismi gizli bir Ajan (bize kalsa ismini söyleyeceğiz de...sonra yani..bilirsiniz) liderlik etmektedir. Bu iki takımın bir an önce güçlerini birleştirip dünyayı yok etmek için hain planlar peşinde olan korkunç Dr. Octavius Brineı durdurması gerekmektedir.