1953'te Hırvat kökenli bir ailenin çocuğu olarak Christopher, Illinois'da doğan John Malkovich, entelektüel bir ailede yetişti ve lisede atletizm ile ilgilendi. Daha sonra Eastern Illinois Üniversitesi'ne katıldı ve arkadaşı Gary Sinise ile Şikago'da Steppenwolf Tiyatrosunun kuruluşuna yardım etti. Yedi yıl sonra Sam Shepard'ın 'True West' oyunuyla Obie ödülü kazandı. Daha sonra Dustin Hoffman'la Arthur Miller'ın 'Death of a Salesman' oyununu canlandırdı. Aynı eserin televizyon uyarlamasındaki performansıyla Emmy ödülü kazandı. 'Places in the Heart' filminde bir körü canlandırdı ve Akademi Ödülüne aday gösterildi. Aynı yıl 'The Killing Fields'de başrol oynadı ve asıl büyük çıkışını 'Dangerous Liaisons' filmindeki Vicomte de Valmont karakteriyle yaptı. Clint Eastwood'un 'In the Line of Fire'ında cani bir suikastçi, Joseph Conrad'ın 'Heart of Darkness' romanının televizyon uyarlamasında ise modern dünyadan vahşi doğasına kaçan albay Kurtz karakterlerini canlandırdı. 'The Portrait of a Lady', 'Mary Reilly' gibi seçkin filmlerde ve kendisini canlandırdığı Spike Jonze filmi 'Being John Malkovich'deki performanslarıyla sinema dünyasının en büyük oyuncularından birisi olduğunu kanıtlayan Malkovich, tüm karakterlere yüklediği soğuk ve itici havasıyla tanınır.

1982'den 1988'e kadar aktris Glenne Headly (1955-2017) evli kalmıştır. 1989'dan beri Nicoletta Peyran ile birlikte olan oyuncunun Amandine ve Lowry adlı iki çocuğu bulunuyordu.