Ömrü boyunca ağır şekilde sigara ve alkol kullanan Bogart'a 1956 yılında yemek borusu kanseri teşhisi kondu. Yapılan tedavilere yanıt veremeyen Bogart, 14 Ocak 1957'de evinde hayatını kaybetti. Cenazesi yakılan sanatçının külleri, Forest Lawn Memorial Park Mezarlığı'na yerleştirildi.

İlk evliliğini Helen Menken ile 1926'da yaptı, ancak 1 yıl sonra boşandılar. 1928'de aktris Mary Philips ile evlendi, bu evlilik de 1937'de sona erdi. 1938'de yine bir oyuncuyla, Mayo Methot ile evlense de bu evlilik de 1945'te boşanmayla sonuçlandı. 1945'te evlendiği Lauren Bacall ile ölümüne dek evli kalmıştır. Bu evlilikten Stephen Humphrey Bogart (d. 1949) ve Leslie Howard Bogart (d. 1952) adlarında 2 çocuğu olmuştur.