Neo ve Zionun diğer isyancıları, Matrixi dönüştürme çalışmalarına başlıyor. Neonun kendi gücünün ve misyonunun iyice farkına vardığı noktadan başlıyoruz filme. İlk filmde kendisini ve yoldaşlarını ajanların elinden kurtaran Neo, ikinci filmde bütün bir Zion şehrini ve sakinlerini kanatları altına almaya çalışacak. Bunun için de, ulaşmak son derece güç olsa da, Anahtarcıyı bulmaları gerekiyor. Bu durum ise düşmanlarına yenilerini de katacaktır. Kendisini kopyalayıp, kopyalarından bir ordu hazırlayan Ajan Smithe İkizler de katılır. The Matrix Reloadedda, direnmeyi sürdüren tek insan kolonisi olan Zionun kapıları seyircilere açılıyor. Fakat açılan kapılarından girmeye çalışan başkaları da olacaktır!..

Kahraman ve bilge Jedi'lar uzun savaştan bitkin düşmüştü. Asıl sorun Şansölye'nin savaş bahanesi olarak demokrasiyi göz ardı etme yönündeki gizli planıdır. Acımasız Komutan Grievous'un başkenti yerle bir ettiği şu an Klon Savaşları'nın son dönüm noktasıdır. Palpatine'i rehin alarak kaçmak için yola çıkan Grevius'u Obi-Wan Kenobi ve genç Anakin Skywalker takip edecek. Öte yandan Anakin Skywalker'ın tek sorunu bu değil. Anakin, büyük Jedi ustalarından beklediği ilgi ve saygıyı göremediği için öfkeleniyor.