Kaçınılmaz bir günde, tüm insanlık kör edici bir ışık parlamasıyla donakalmıştı. Birkaç bin yıl sonra, Liseli Taiju uyanır ve kendini heykellerin dünyasında kaybolmuş şekilde bulur. Ama, yanlız değildir! Onun Bilime aşık arkadaşı Senku kalkmış ve bir kaç aydır çalışıyordu ve bilimin gücüyle medeniyeti yeniden inşa etmek için aklında bir fikri vardı.

Orta okul son sınıf öğrencisi olan Mei Misaki, güzelliğiyle, zekasıyla ve kişiliğiyle okulun en popüler kızıdır. Fakat mezun olamadan bir kaza sonucu ölür. Bunun üzerine arkadaşları ve öğretmenler Misaki hala yaşıyormuş gibi hareket etmeye başlarlar. Hatta mezuniyet töreninde Misaki için de kutlama yapılır.Bu olaydan 26 yıl sonra Sakikabara Kouichi aynı okula transfer öğrenci olarak gelir. Okulda yine Mei Misaki adıyla ve bir gözü bantlı esrarengiz bir kız öğrenci vardır. Diğer öğrenciler bu kız hakkında konuşmaktan kaçınırlar.Kouichi, Misaki ile konuşmak için yanına gittiğinde Misaki, bu okuldaki öğrencilerin ölüme çok yakın olduğunu, yakında herşeyi öğreneceğini söyler ve uzaklaşır.

Yagami Light, üniversite giriş sınavlarına hazırlanan bir lise son sınıf öğrencisidir. Light (Raito), Japonyanın belki de en yetenekli ve zeki öğrencisi olmasına rağmen, yaşadığı dünya ona tat vermemektedir. Her gün gittikçe artan suç oranı ve adalet sisteminin çökmüşlüğü, onun için bu dünyayı daha da anlamsız ve çürümüş kılmaktadır. Bu yüzden de, hiç bir şeyde anlam görmemektedir.Light, bu buhranlarını kendi içinde yaşarken, ders sırasında bir defterin gökten düştüğünü görür. Okul çıkışı elinde olmadan defterin düştüğü yere yönelir. Defterin üstünde "Death Note" yazmaktadır. Defteri yerden alıp incelediğinde hiç de inanacağı şeylerle karşılaşmaz."Bu deftere ismi yazılan insan ölecektir."Nedenini kendi bile bilmeden, defteri alıp evine döner. Evde haberleri izlerken, bir adamın bir anaokulundaki öğrencileri ve öğretmenleri rehin aldığını izler. Defterin gerçekliğini test etmek için rehin alan adamın adını deftere yazar. Ve 40 saniye sonra adam ölür.Defterin gerçekliği karşısında şaşkına dönen Light, kendi ideal dünyasını yaratmak için diğer suçlulara yönelecektir. Ama ya dünya onun varlığını öğrenip peşine dünyanın en iyi dedektifi Li takarsa?